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采用纳米孔测序技术的动物研究

从使用模式生物研究人类疾病，到动物健康、繁殖、保护和演变，动物基因组学为许多科学研究领域提供了宝贵的见解。而对大型且高度复杂的基因组区域进行准确鉴定的需求，是所有这些学科所面临共同挑战。研究人员使用纳米孔长读长测序（长达 2 Mb）来解析结构变异、重复区域、单倍型和全长转录本，提供关于动物基因组、转录组和微生物组的新见解。此外，对天然 DNA 和 RNA 直接进行测序的能力，简化了同步识别碱基修饰和核苷酸序列的过程。

使用长读长解析具有挑战性的基因组区域，如结构变异和重复序列
在单条读长中测序全长 RNA 转录本，进行明确的异构体鉴定和定量
表观遗传学——检测核苷酸序列的同时常规检测碱基修饰
通过 10 分钟文库制备简化工作流程
可用于任何实验室——通过 Flongle, MinION, GridION 或 PromethION 扩展规模
在时间关键型应用中（例如病原体识别）实时获得结果

您可以如何使用纳米孔技术？

全基因组测序

靶向测序

RNA 测序

表观遗传学

病原菌和微生物群

使用纳米孔长读长测序校正并完成模式和非模式生物的基因组组装。充分鉴定复杂的结构变异、重复区域和定相（phasing），支持育种计划和进化分析，获得关于动物健康和疾病的新见解。

基于当前 200 Gb 的的内部测序芯片性能（2018 年 10 月）。

使用从头或参考引导的方法获得完整的基因组并校正参考组装
准确解析结构变异、重复区域和单倍型
使用直接测序检测表观遗传修饰，消除 PCR 偏好性
通过快速 10 分钟文库制备和实时分析简化工作流程
根据您的要求调整规模：1.8 Gb Flongle；30 Gb MinION；150 Gb GridION；4800/9600 Gb PromethION P24/P48

全基因组测序应用开始使用

“[Oxford Nanopore] 产生的长读长可用于解决与从头组装相关的挑战，特别是在包含了重复序列长度超过读长长度的区域中，这在仅使用短读长的组装中无法得到解决。 ”

Dhar 等人

Initial data release and announcement of the Fish10K: Fish 10,000 Genomes Project

De novo assembly of a chromosome‐level reference genome of Red Spotted Grouper (Epinephelus akaara) using nanopore sequencing and Hi‐C

The bagworm genome reveals a unique fibroin gene that provides high tensile strength

‘Genome skimming’ with the MinION hand-held sequencer identifies CITES-listed shark species in India’s exports market

Hybrid genome assembly and annotation of Danionella translucida, a transparent fish with the smallest known vertebrate brain

Absence of evidence is not evidence of absence: Nanopore sequencing and complete assembly of the European lobster (Homarus gammarus) mitogenome uncovers the missing nad2 and a new major gene cluster duplication

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超越对短目标区域的标准单核苷酸变异（SNV）分析。纳米孔长读长测序可经济高效地实现对感兴趣的大型基因组区域中所有变异类型检测和单倍型分型，包括结构变异、重复序列、微卫星和单核苷酸变异。使用无 PCR 的富集方法，同步分析碱基修饰和核苷酸序列。将您的覆盖度和通量要求与我们的可扩展技术相匹配，并使用样本混样建库进行成本效益更高的分析。

对大基因组区域内的所有遗传变异（包括结构变异、重复、微卫星和单核苷酸变异）进行解析和单倍型分型
在单条读长中分析整个基因，包括外显子、内含子和启动子
富集策略任您选择——PCR、杂交捕获、CRISPR/Cas9
最新: 全面整合的无扩增富集
使用无扩增富集和测序检测表观遗传修饰
无需等候结果，实时分析数据
对样本进行混样建库，获得更佳经济高效的结果

靶向测序应用开始使用

“与大多数已有的 DNA 测序方法相比，MinION 测序更为便宜，且速度更快，通量也尤其适用于扩增子实验”

Fuselli 等人

Application of long-read sequencing for robust identification of correct alleles in genome edited animals

Next-generation in situ conservation and capacity building in Madagascar using a mobile genetics lab

Publication - A new hybrid approach for MHC genotyping: high-throughput NGS and long read MinION nanopore sequencing, with application to the non-model vertebrate Alpine chamois (Rupicapra rupicapra)

Application of long-read sequencing for robust identification of correct alleles in genome edited animals

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纳米孔测序可提供高产出、全长的长读长序列，从而对转录本异构体进行明确鉴定和定量。与传统的 RNA 测序技术不同，无需扩增消除了偏好性来源，而且可以直接同步检测碱基修饰和核苷酸序列。低起始量结合快速、精简的工作流程，可以进行高灵敏度的基因表达分析。

测序全长转录本，明确识别剪接变体
高产出实现转录本定量和基因表达分析
使用直接 cDNA 或直接 RNA 测序消除 PCR 偏好性
使用直接测序同步检测碱基修饰和核苷酸序列
使用靶向方法分析感兴趣的特定转录本
使用最新的 RNA 和 cDNA 测序试剂盒，以更少的起始量，获得更高的产出

RNA 测序应用开始使用

“为了对非模式生物体进行准确的异构体转录组注释，需要采用长读长测序技术对全长 cDNA 分子进行测序”

Byrne 等人

Application of long-read sequencing for robust identification of correct alleles in genome edited animals

Next-generation in situ conservation and capacity building in Madagascar using a mobile genetics lab

Publication - A new hybrid approach for MHC genotyping: high-throughput NGS and long read MinION nanopore sequencing, with application to the non-model vertebrate Alpine chamois (Rupicapra rupicapra)

Application of long-read sequencing for robust identification of correct alleles in genome edited animals

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直接纳米孔测序无需扩增、链合成或亚硫酸氢盐转化，在减少偏好性的同时，能够同步检测DNA 或 RNA 碱基修饰和核苷酸序列。碱基修饰可通过使用无 PCR 的全基因组、全转录组和靶向测序方法检测。

经济高效地鉴定RNA碱基修饰以及核苷酸序列
常规捕获碱基修饰，在您准备就绪时进行分析
使用长片段的全长序列将碱基修饰明确地匹配至异构体
精简的实验方案，无需严苛或低效的化学改造，保留 RNA 分子和数据的完整性
使用 Tombo 分析数据，Tombo 是日益增多的分析工具中的一种

表观遗传应用开始使用

“将 [Oxford Nanopore] 平台建立为一种可以绘制几乎任何给定修饰的工具，将使我们能够以迄今无法实现的方式研究表观转录组”

Liu 等人

Methplotlib: analysis of modified nucleotides from nanopore sequencing

Accurate detection of m6A RNA modifications in native RNA sequences

Adenine methylation in Drosophila is associated with the tissue-specific expression of developmental and regulatory genes

Nanopore sequencing and assembly of a human genome with ultra-long reads

Same-day genomic and epigenomic diagnosis of brain tumors using real-time nanopore sequencing

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实时的长读长纳米孔测序可以快速全面地鉴定动物病原体和微生物群，有助于改善动物健康和福利，减少抗生素使用，以及强化疫情爆发期间的监测。便携式 Flongle 和 MinION 测序仪，台式 GridION 或 PromethION 平台可用于在样本源或实验室对样本进行测序，实时结果可以提供即时和具有行动意义的见解。

实时识别微生物和抗微生物抗药性
使用长读长区分密切相关的菌株
使用快速的全基因组或靶向（例如 16S）方法简化工作流程
使用便携式 MinION 和 Flongle 在样本源测序
混样建库样本，获得更加经济高效的结果
根据您的需求调整规模：1.8Gb Flongle；30 Gb MinION；150 Gb GridION； 4800/9600 Gb PromethION P24/P48

微生物学应用开始使用