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动物测序

动物基因组学为许多科学研究领域提供了宝贵的见解,从使用模式生物体来研究人类疾病,到动物健康、繁殖、保护和演变。 纳米孔长读长测序(最长 4 Mb)可准确解析复杂的基因组区域、单倍型和全长转录本,从而以经济有效的方式提供有关动物基因组、转录组和微生物基因组的新见解。 对天然 DNA 或 RNA 进行直接测序时,还可同步鉴定碱基修饰(例如甲基化)和核苷酸序列。
组装迄今为止最大的动物基因组——43 Gb 的肺鱼基因组
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为克服测序和组装更大规模的肺鱼基因组的挑战,我们采用了纳米孔长读长和超长读长测序技术...
Meyer, A. 等人,Nature 590 (2021)

Oxford Nanopore 测序

传统的短读长技术

读长长度不受限制(达到 4 Mb )

Long reads grey in circle

读长长度通常为 50–300 bp

短读长通常无法覆盖整个关注的区域(包括重复区域和结构变异)或全长RNA 转录本,导致组装碎片化,而且无法明确鉴定转录异构体。

无扩增直接测序方案

DNA icon in grey circle

需要扩增

扩增会引入偏倚(降低覆盖均一度,并可能导致覆盖缺口),并消除碱基修饰(例如甲基化),需要额外的样本制备、测序运行和费用。

灵活、按需

  • 根据您的通量需求调整规模
  • 采用便携式 FlongleMinION 在实验室或现场测序
  • 采用灵活、高通量的 GridIONPromethION 设备,处理大型动物基因组项目
  • 无需分批处理样本
streaming

灵活性有限

平台成本和基础设施要求会限制该设备在全球范围内的可获取性。而且,为获得最佳效率,可能需要分批处理样本,因此获取结果的时间可能发生延迟。

实时数据流

  • 对于时间紧迫的应用,比如病原体鉴定等,可立即获取结果
  • 当生成足够数据时停止测序——清洗并重复使用测序芯片
  • 使用简单的 EPI2ME 工作流程进行实时微生物分析
run-time

固定运行时间,批量交付数据

获得结果的时间更长,无法及时发现工作流程错误,处理大批量数据还会增加操作的复杂性。

简化的工作流程

从样本到结果:Pore-C 提供完整的、端到端染色体构象捕获工作流程

工作流程费力

通常样本制备要求繁多,测序运行时间较长,工作流程效率降低。

白皮书

大基因组新洞察

从描绘复杂基因组区域(例如重复段和结构变异),到同步鉴定甲基化碱基和核苷酸序列,了解纳米孔测序如何用于生成增强的、高连续性的动物基因组组装。通过具体案例研究,揭示了研究人员如何将实时纳米孔长读长测序的益处应用于广泛的研究领域,包括动物保护和管理。
在我们的资源中心获取更多有关动物测序的内容,包括入门指南、工作流程和视频。
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案例分析

了解人类与黑猩猩之间的遗传差异

如果仅考虑单核苷酸变异 (SNV),则黑猩猩与人类基因组的差异仅为 1.2%;但当同时考虑结构变异 (SV) 时,则差异 [2]5%——这表明 SV 在性状趋异中的重要性。 美国加州大学戴维斯分校的研究人员使用纳米孔长读长测序,结合其他基因组分析技术,生成了“迄今为止最连续的黑猩猩基因组装”。
“我们鉴定了 209 个黑猩猩特异性缺失和 18 个黑猩猩特异性倒位,它们影响了 56 个蛋白编码基因”
Daniela Soto,来自美国加州大学戴维斯分校
从动物基因组组装支持疾病模型、育种计划、保护和进化分析,到动物病原体分析、基因表达和碱基修饰,欢迎在我们的研究方向页面中获取全面信息。
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动物研究的可扩展测序

从功能强大的便携式 Flongle 和 MinION 设备,到高通量台式 GridION 和 PrometION 平台——根据您的测序规模选用,以满足您特定的研究要求。
产品比较
PromethION24-yield-Mar21
Gigabases in 48 hours (log10)

*Flongle is a flow cell adapter for MinION and GridION, designed for rapid and cost-effective analysis of smaller tests and samples.
Based
Devices

Recommended for 动物研究

PromethION

大规模、长读长、直接 DNA 和 RNA 测序。可用于提供纳米孔测序服务。开展超大数据量项目(Tb)。按需测序大量样品。可选择无资本支出模式。

为什么选择 PromethION?

  • 高通量、高样本量台式系统
  • 模块:多达 48 张测序芯片,每张芯片包含多达 3,000 个纳米孔通道(总计达 144,000 个纳米孔通道)
  • 测序芯片可单独或同时运行
  • 与 MinION 相同工作流程,用于更大规模的项目

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