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感染性疾病

从病原体鉴定和抗菌素耐药性 (AMR) 分析,到高质量基因组组装和变体鉴定,对传染病样本进行全面、实时洞察——纳米孔测序技术可即时获取关键基因组流行病学数据,用于有效控制传染病暴发。您可根据需求,使用功能强大的便携式设备或高通量纳米孔测序设备,在实验室或样本来源地进行相应规模的测序。
COVID-19 疫情期间的循证公共卫生决策
阅读文章
实时全基因组测序与来自国家公共卫生响应团队的数据相结合,在决策过程中提供有助于决定后续步骤的信息
Oude Munnink B.B. 等人,Nature Medicine 26 (2020)

Oxford Nanopore 测序

传统的短读长技术

实时数据流

  • 立即获取可操作的结果,包括病原体鉴定、变异分析和抗菌耐药性
  • 当获得足够数据时停止测序 — 清洗并重复使用测序芯片
  • 综合型数据分析工具——包括用于实时种属鉴定和 AMR 分析的 EPI2ME
run-time

固定运行时间,批量交付数据

需更长的时间方能获得结果,不太适合时间紧迫的应用方向

可扩展——从便携式到高通量

  • 使用便携式、低成本的 MinION 设备在任意地点测序,套装已包含测序试剂
  • 使用模块化 GridIONPromethION 扩展规模——适用于病原体和复杂宏基因组样本的超高通量测序,以及宿主基因组学等其他实验
MinION Mk1C Icon

仅限在实验室中使用

需要大型现场基础设施和安装准备,加上平台成本较高,可及性有限

灵活、按需

  • 根据您的需求调整测序规模——可在一台设备上运行 1 个至数千个样本
  • 随时对您需要的内容进行测序——无需分批处理样本
streaming

灵活性有限

为获得最佳效率,可能需要分批处理样本,因此在获得足够样本后,得到结果的时间可能发生延迟。

读长长度不受限制(达到 4 Mb)

Long reads grey in circle

读长长度通常为 50–300 bp

短读长通常不会覆盖整个关注区域(包括重复区域和结构变异)或全长 RNA 转录本,导致组装碎片化,而且无法明确鉴定转录异构体

简化的、可自动处理的工作流程

从样本到结果:Pore-C 提供完整的、端到端染色体构象捕获工作流程

工作流程费力

需要扩增,样本制备时间长——会去除碱基修饰(例如甲基化)并增加测序偏倚的可能性

白皮书

利用实时分子流行病学来管控传染病疫情

从埃博拉、寨卡和 COVID-19 病毒,到抗菌耐药性细菌和真菌感染,了解全球研究人员如何使用便携式实时的纳米孔测序技术,为快速识别和控制传染病疫情提供支持。了解实时基因组流行病学如何支持跟踪新病原体变异,从而为感染控制和公共卫生政策提供信息。
COVID-19 资源
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Genomic epidemiology paper
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Outbreak-sequencing-nanopore
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疫情暴发测序

在爆发情况下使用纳米孔测序

传染病是一种日益严重的威胁。例如,仅在 2019 年,世界卫生组织就记录了 19 种不同传染病的 100 多起爆发,每一种都构成潜在的流行病或大流行风险。 便携式和可扩展的实时纳米孔测序已被用于支持快速识别和控制世界各地的许多传染病暴发,包括 SARS-CoV-2、埃博拉病毒、寨卡病毒、抗微生物细菌等。
“如果这种病毒引起了严重的爆发或大流行,我们的主动监测工作和疫苗研发将为疫苗生产提供大约 8 周的时间优势”
Rambo-Martin 及 Keller等人. mSphere e00822-19 (2020)
Taylor's photo
查看案例研究 观看视频

案例分析

COVID-19 社区和医院传染的局部控制

随着新一波疫情席卷英国,COVID-19 患者入院人数激增,剑桥大学医院也包括在内。 为了支持实施有效的疾病控制措施,了解传染病的传播地点和方式非常重要。 最近成立的英国 COVID-19 基因组测序联盟已开始行动。这是由多家医院、公共卫生机构和学术合作伙伴组成的分布式网络,位居世界领先地位,其使命是针对 SARS-CoV-2 样本提供快速、高通量的全基因组测序。 生成的分子流行病学数据对实施合适的当地和国家公共卫生政策至关重要。
“研究病毒的基因组有助于发掘隐匿或隐藏的传播情况。这是它的真正作用所在——您可以检测到疫情并在其发生时采取行动”
Estée Török,来自英国剑桥大学
请访问我们的应用页面,获取从种属鉴定到宏基因组组装和变异识别的详细信息。
COVID-19 宏基因组学

开始使用

传染病样本的可扩展测序

我们提供完全可扩展的实时纳米孔测序设备,以适配各类传染病测序要求——从现场病原体监测和表征,到传染病样本和宿主遗传学的高容量分析。
产品比较
GridION Yield graph
Gigabases in 48 hours (log10)

*Flongle is a flow cell adapter for MinION and GridION, designed for rapid and cost-effective analysis of smaller tests and samples.
Based
Devices

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GridION

独立、易于部署的台式设备,旨在运行和分析多达五张 MinION 或 Flongle 测序芯片。 简单、强大的可扩展性,可满足您的所有测序需求。 可投资固定资产或耗材预算,可选择提供纳米孔测序服务。为什么选择 GridION?
  • 为多个用户和实验运行多达五张独立可控的 MinION 或 Flongle 测序芯片
  • 生成多达 250 Gb* 实时碱基识别的数据以进行即时分析
  • 享受大型设备的规模和灵活性优势,无需特定的基础设施要求
  • 轻松部署自适应采样(Adaptive Sampling)进行靶向测序,无需额外的样品制备

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