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采用纳米孔测序技术的微生物学研究

采用长读长纳米孔测序得到完整细菌、真菌和病毒(DNA 或 RNA)基因组。通过快速检测病原体的方法,从环境或单一生物样品中识别并鉴定微生物——无论是在实验室还是野外。如有需要,可配合使用抗菌药物耐药性分析。使用直接 RNA 或 cDNA 测序方法对全长转录本进行测序,进行准确的基因表达和转录本异构体分析。
  • 使用长读长简化从头组装并校正参考基因组
  • 解析结构变异和重复区域
  • 测序和定量全长转录本,进行明确的基因表达和异构体分析
  • 通过直接测序消除偏好性,并识别表观遗传修饰
  • 实时获取结果,包括物种识别
  • 使用 Flongle, MinION, GridION 或 PromethION 扩展您的需求

您可以如何使用纳米孔技术?

基因组分析

物种鉴定 & 抗微生物抗药性分析

转录组研究

表观遗传学

全面分析微生物基因组(DNA或RNA)。 准确定位重复区域和结构变异,并使用长序列读长来区分质粒与基因组区。 简化从头组装,并矫正现有的参考基因组。 无论是从实验台还是到现场,根据您的需求调整规模。
  • 准确解析具有挑战性的基因组区域(结构变异和重复)
  • 利用长读长简化从头组装,并纠正参考基因组
  • 使用全基因组、靶向测序和混样建库的方法
  • 直接DNA和RNA测序,无需PCR,消除偏好性
  • 通过实时数据流获得即时结果
  • 扩展规模以满足您的需求——1.8 Gb Flongle;30 Gb MinION;150 Gb GridION; 4,800 / 9,600 Gb PromethION P24 / P48
“重要的是,我们证实,与仅使用短读长的组装相比,基于简单的 10 分钟文库制备方案的单次 MinION 测序运行使基因组连续性增加 67 倍,基因组完整性提高 28%”
实时准确识别微生物和相关的抗微生物抗药性(AMR)。 Oxford Nanopore 提供完整的解决方案:从快速的10分钟文库制备(DNA),到使用 EPI2ME 平台的实时系统发生树和 AMR 分析。 使用宏基因组或靶向 16S rRNA 方法。在样品源或实验室,使用便携式 MinION 或台式GridION,或 PromethION 设备进行测序。
  • 使用长读长实时识别微生物和 AMR,并区分密切相关的菌株
  • 使用快速的全基因组或靶向(例如 16S)方法,简化工作流程
  • 使用便携式 MinION 和 Flongle 在样品源处进行测序
  • 混样建库样品获得更具成本效益的结果
  • 扩展规模以满足您的需求——1.8 Gb Flongle;30 Gb MinION;150 Gb GridION; 4,800 / 9,600 Gb PromethION P24 / P48
使用全长纳米孔读长序列,解析转录本异构体并测量真实的基因表达谱。低起始量结合快速、精简的工作流程,可以进行高灵敏度基因表达分析
  • 测序完整的全长转录本,明确鉴定转录本异构体
  • 准确定量异构体,以进行灵敏的基因表达分析
  • 使用直接 cDNA 或直接 RNA 测序,消除 PCR 偏好性
  • 轻松识别反义转录本和 lncRNA 异构体
  • 新增功能:使用更新的 RNA 和 cDNA 测序试剂盒,只需较少的起始量即可获得更高的产量
微生物表现出许多类型的碱基修饰,可影响一系列功能,包括基因表达和抗菌素耐药性。 与其他测序分析方法不同,纳米孔测序无需扩增或链合成,可减少偏差并保留修饰的碱基信息,这些修饰碱基信息可与核苷酸序列同步检测,无需进行额外的样本转化。 。
  • 在一次检测中鉴定修饰碱基和核苷酸序列
  • 常规捕获修饰,在您准备就绪时进行分析
  • 使用无PCR的全基因组测序、全转录组或靶向测序方法
  • 使用核苷酸类似物探索基因组复制
  • 快速10分钟文库制备(DNA)——无需亚硫酸氢盐或化学转化
  • 使用日益增多的工具分析数据