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植物研究

纳米孔技术提供超长测序读长序列(高达 4 Mb),能够准确组装大型、高度重复的植物基因组,解析结构变异、转座子和转基因插入,从而为植物的生物学、演化和育种策略提供新见解。该技术可以在识别核苷酸序列的同时识别碱基修饰(例如甲基化),无需额外测序步骤或费用。另外,其全长转录本测序功能对增强基因注释和基因表达研究也有所帮助。
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…plant chromosomes can now be assembled in a single contig, gapless and from telomere to telomere…
Belser, C. et al. bioRxiv 440017 (2021)

Oxford Nanopore 测序

传统的短读长技术

读长长度不受限制(已超过 4 Mb)

  • 解析复杂和重复基因组区域,例如结构变异和转座子
  • 生成高质量的植物基因组从头组装并校正参考基因组
  • 分析长片段单倍型和定相,并且深入了解多倍体基因组
  • 使用全长转录本精准注释植物基因组
  • 获得异构体水平转录组表征和定量
Long reads grey in circle

读长长度通常为 50–300 bp

短读长通常不会跨越整个目标区域(包括重复段和结构变异)或全长 RNA 转录本,导致组装片段化和转录异构体鉴定模糊。

无扩增直接方案

  • 以检测碱基修饰(例如甲基化)为标准——无需额外制备
  • 消除扩增偏倚、GC-偏倚和读长限制
  • 使用 Cas9 测序试剂盒或实时机上适应性采样,通过无扩增长读长序列拓展靶向测序的效用
DNA icon in grey circle

需要扩增

扩增会引入偏倚(降低覆盖均一度,并可能导致覆盖缺口),并消除碱基修饰(例如甲基化),需要额外的样本制备、测序运行和费用。

灵活、按需

  • 根据您的通量需求调整规模
  • 采用便携式 FlongleMinION 在实验室或现场测序
  • 采用灵活、高通量的 GridIONPromethION 设备,处理大型动物基因组项目
  • 无需分批处理样本
streaming

灵活性有限

平台成本和基础设施要求会限制该设备在全球范围内的可获取性。而且,为获得最佳效率,可能需要分批处理样本,因此获取结果的时间可能发生延迟。

简化的工作流程

从样本到结果:Pore-C 提供完整的、端到端染色体构象捕获工作流程

工作流程费力

通常样本制备要求繁多,测序运行时间较长,工作流程效率降低。

实时数据流

  • 对于时间紧迫的应用,比如病原体鉴定等,可立即获取结果
  • 当生成足够数据时停止测序——清洗并重复使用测序芯片
  • 使用简单的 EPI2ME 工作流程进行实时微生物分析
run-time

固定运行时间,批量交付数据

获得结果的时间更长,无法及时发现工作流程错误,处理大批量数据还会增加操作的复杂性。

白皮书

弥合植物基因组的测序缺口

本文概述了研究人员如何通过纳米孔测序技术来应对上述难题,并生成高质量、高度连续的植物基因组组装,从而为植物保护和育种带来新的机遇。
在我们的资源中心获取更多植物测序信息,包括案例研究、入门指南和视频。
查看所有植物研究资源
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Dr Guy Harmelin
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案例分析

结构变异在作物育种中的重要性

甘蓝型油菜 (Brassica napus) 是世界范围内的主要油料作物,在烹饪、生物燃料和动物饲料中广泛使用。甘蓝型油菜基因组的 1.2 Gb 异源四倍体显示了广泛的基因层和染色体层的结构变异 (SV),它们潜藏在重要的表型特征下,例如开花时间、抗病性和种子质量。准确解析这些 SV 有助于改良这些重要的经济作物。德国尤斯图斯-李比希大学的研究人员利用纳米孔长测序读长序列,充分表征和比较了 4 种不同甘蓝型油菜株系的 SV。初始分析了解了平均 SV 长度与特定开花表型的相关性,而 SV 多样性为作物育种历史提供了进一步见解。
从增强植物基因组组装以支持植物保护和育种计划,到基因表达、碱基修饰和植物病原体分析,欢迎在我们的调查方向页面中获取全面信息。
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开始使用

用于植物研究的可扩展测序

从强大的便携式 Flongle 和 MinION 设备,到高通量台式 GridION 和 PrometION 平台——根据您的测序规模选用,以满足您特定的研究要求。
产品比较
PromethION 24 产量
Gigabases in 48 hours (log10)

*Flongle is a flow cell adapter for MinION and GridION, designed for rapid and cost-effective analysis of smaller tests and samples.
Based
Devices

Recommended for 植物研究

PromethION

用于生产规模的高通量设备,按需访问 Tb数量级的 DNA 和 RNA 序列数据。每张测序芯片均可以为纳米孔测序提供最低的单 Gb 价格,同时具有同时运行高达 24 或 48 张芯片的灵活性。可投资固定资产或耗材预算,可选择提供纳米孔测序服务。

为什么选择 PromethION?

  • 运行多达 24 或 48 个可独立寻址的高产出 PromethION 测序芯片
  • 在一个实验室中轻松容纳多台设备
  • 并行运行单个样本,以前所未有的时间到答案周转速度快速表征大型基因组
  • 生成低于 1000 美元的人类基因组

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