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采用纳米孔测序技术的植物研究

纳米孔测序可准确组装复杂的、数 Gb 级别植物基因组，并且可以实时检测植物病原体。长 DNA 测序读长（长达 4 Mb）可以强化基因组组装，并完整鉴定复杂的基因组区域，包括结构变异、转座子和转基因插入，从而提供有关植物生物学、演变和育种策略的新见解。碱基修饰可与核苷酸序列一同识别，无需任何额外的方案或费用，从而进行更全面、成本效益更高的基因组表征。对全长 RNA 转录本进行测序，进行强化的基因注释和基因表达研究。从便携式 MinION 到高通量 PromethION 的一系列纳米孔测序设备，能够对极其庞大的植物基因组或样本量（例如转基因株系和种子采集）进行测序。

使用长读长简化从头组装并校正参考基因组
解析有挑战性的区域，包括重复、结构变异、转座子和转基因插入
快速识别植物病原体，可在野外使用
测序全长 RNA 转录本，强化基因注释和基因表达研究
精简、自动化的工作流程，起始量要求低
使用 Flongle, MinION, GridION 或 PromethION 扩展您的需求

基因组组装和转基因定位

植物转录组和基因注释

实时病原体鉴定

植物基因组通常较大、高度重复且呈现多种倍性，因而使用短读长测序技术时难以对其进行测序和组装。对长和超长 DNA 片段进行测序时，读长可长达 4 Mb，纳米孔技术能够强化植物基因组组装，从而解析复杂的重复区域、结构变异、转座子和转基因插入。通过对天然 DNA 进行直接、无扩增测序，保留并同步检测修饰碱基及核苷酸序列。

简化植物基因组组装——构建新的参考基因组或校正并完善现有基因组组装
解析有挑战性的区域，包括重复、结构变异、转座子和转基因插入
研究基因连锁、单倍型定相和亚基因组
直接同步检测表观遗传修饰和核苷酸序列
快速 10 分钟文库制备和低 DNA 输入要求
高产出、按需——1.8 Gb Flongle；30 Gb MinION；150 Gb GridION；9600 Gb PromethION

全基因组测序应用开始使用

“PromethION 是真正的游戏改变者，结合超长读长与高测序产出，生成连续的高质量参考基因组。通过该平台，我们仅用几张测序芯片就以 100x 覆盖率对 2.56 Gb 莴苣基因组进行了测序"

Alexander Wittenberg, KeyGene, PromethION 服务提供商

High-quality chromosome-scale assembly of the walnut (Juglans regia L) reference genome

Mapping of transgenic alleles in soybean using a nanopore-based sequencing strategy

The complex architecture and epigenomic impact of plant T-DNA insertions

Chromosome-scale assemblies of plant genomes using nanopore long reads and optical maps

Generating a high‐confidence reference genome map of the Greater Duckweed by integration of cytogenomic, optical mapping and Oxford Nanopore technologies

High contiguity Arabidopsis thaliana genome assembly with a single nanopore flow cell

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RNA 测序是一种强大的植物基因发现和转录本表达分析工具，可以提供作物育种和改进计划的信息。使用纳米孔测序时，读长等于 RNA（或 DNA）片段长度，可明确分析全长转录本，从而简化基因注释，准确鉴定和定量异构体的基因表达。对天然 RNA 进行直接测序的能力消除了偏好性来源，可以同步识别碱基修饰和核苷酸序列。

准确的转录本和异构体定量
简化基因注释
通过全长转录本明确鉴别剪接变体
使用直接 cDNA 和直接 RNA 测序消除偏好性
使用天然 RNA 测序同步识别修饰碱基和核苷酸序列
实时访问数据

转录组分析开始使用

“这些 [拟南芥] 数据揭示了大量的新的转录组学复杂性，而这些并未能在已有的转录组注释中反映出来”

Nick Schurch, 英国邓迪大学

Nanopore direct RNA sequencing maps an Arabidopsis N6 methyladenosine epitranscriptome

NAD tagSeq reveals that NAD+-capped RNAs are mostly produced from a large number of protein-coding genes in Arabidopsis

Exploring the fate of mRNA in aging seeds: protection, destruction, or slow decay?

Publication - Transcriptome landscape of the developing olive fruit fly embryo delineated by Oxford Nanopore long-read RNA-Seq

Highly parallel direct RNA sequencing on an array of nanopores

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对植物病原体进行快速识别和鉴定对于有效监测和控制策略至关重要。便携式、实时 MinION 装置最少只需低成本便可以在实验室或现场对植物病原体进行经济有效的检测，无需将样本运送到专门的测序中心。VolTRAX 和 MinIT 也能用于支持现场研究，为样本制备和数据分析提供快速便携的解决方案。纳米孔长读长测序可以进行完整的基因组鉴定，解析重复区域和结构变异。