相关产品
应用方向
View all applications
资源中心
最新资讯 探索
关于我们

转录组

纳米孔测序技术提供独有的长全长 RNA 高产出,支持在异构体水平下进行定量和转录组完全表征。众所周知,异构体差异性表达和等位基因特异性影响在疾病易感性、疾病进展和个体药物反应中起到重要作用。对于转录本的异构体表达和在不同实验条件和细胞中的使用(包括单细胞分析),通过纳米孔测序可以产生新的见解。
对人类组织进行长读长测序,以研究等位基因对转录组结构的影响
观看视频
RNA-seq 长读长技术的出现有可能给转录组分析带来变革,因为它可以直接测量全长异构体
Dafni Glinos,来自美国纽约基因组中心

Oxford Nanopore 测序

传统的短读长技术

读长长度不受限

  • 生成全长转录本——已有研究展示20 kb 的单读长转录本
  • 明确鉴定所有剪接变体
  • 对等位基因特异性、异构体水平的基因表达进行准确分析
  • 轻松鉴定反义技术转录本和 lncRNA 异构体
  • 覆盖相同数量转录本所需的读长大约缩减了 50 倍
Long reads grey in circle

读长长度通常为 50–100 bp

传统 RNA-Seq 技术生成的短读长仅部分覆盖转录本的长度,很难对转录本异构体进行准确组装和定量。短读长还表现出较高的多重定位率,导致数据丢失,以及基因组或转录本注释的效用降低。

无扩增直接方案

  • 分析多聚 A 尾长度和转录起始位点
  • 常规检测碱基修饰(例如甲基化)——无需额外制备
  • 使用直接 cDNA 或直接 RNA 测序,消除扩增偏倚和读长长度限制
全转录组

需要扩增

传统 RNA-Seq 方法的扩增要求可能会引入偏倚,降低总 RNA 池的复杂性,并可能导致某些 RNA 物种的丰度增加或脱漏。

易获取且可扩展

  • 满足您各类需求的可扩展设备——便携式 MinION,套装已包含测序试剂
  • 模块化的 GridIONPromethION,具有灵活的通量——同时运行大量的时间过程或治疗研究
  • 使用低成本 Flongle 开发靶向测定法
  • 样本混样建库——降低成本并最大限度地提高实验效率
streaming

不易获取

平台成本和基础设施要求会限制该设备在全球范围内的可获取性。为获得最佳效率,可能需要分批处理样本,因此获取结果的时间可能发生延迟。

简化的工作流程

  • 样本制备时间 <3 小时,动手操作时间只需 13 分钟(cDNA-PCR 试剂盒)
  • 选择 3 个独特的试剂盒:cDNA-PCR直接 cDNA直接 RNA ——最大限度地减少偏倚,并在速度、产出和表观遗传修饰鉴定方面具有灵活性
从样本到结果:Pore-C 提供完整的、端到端染色体构象捕获工作流程

工作流程费力

样本制备时间通常约为 7 小时,实际操作时间约为 3 小时。

实时数据流

  • 当生成足够数据时停止测序——清洗并重复使用测序芯片
  • 即时获取结果
run-time

固定运行时间,批量交付数据

获得结果的时间更长,无法及时发现工作流程错误,一次性处理大批量数据还会额外增加复杂性。

白皮书

无偏倚全长转录本的价值

进一步了解长读长纳米孔 RNA 测序如何用于明确的异构体水平基因表达研究,以及直接测序如何进一步消除偏倚,并通过直接 RNA 测序支持碱基修饰的同步检测。 阅读涵盖各种研究领域的案例研究,其中包括纳米孔 RNA 测序如何揭示 CACNA1C 基因(神经精神疾病治疗靶点)前 10 种表达亚型中的 9 种为新型转录本
在我们的资源中心获取更多有关转录组学的内容,包括入门指南、工作流程和视频。
查看所有资源
WHITE PAPER IMAGE
下载 RNA 测序白皮书
ArielGershman-Johns-Hopkins-University
观看视频

案例分析

揭示蜂鸟中的异构体水平差异基因表达

蜂鸟在摄入糖分利用度和释放脂肪能量方面表现出惊人的能力,是为研究如何维持高血糖水平而不对健康产生负面影响的绝佳系统。美国约翰霍普金斯大学的 Ariel Gershman 及其同事采用纳米孔测序研究蜂鸟转录组,发现的转录本数量大约是使用短读长测序技术获得的两倍。此外,该团队还展示了全长读长测序如何能够在异构体水平上识别组织特异性基因表达,从而可能为尽量减少高糖水平对人类健康的影响提供新洞察。
“有了我们的长读长,组装这些转录本并辨别哪些转录本是哪些基因表达变得容易很多”
Ariel Gershman,来自美国约翰霍普金斯大学
CASE STUDY CARD
无论您在对人类、植物、动物或微生物样本进行转录组测序,欢迎从我们的应用页面了解更多信息。
人类基因组学 查看所有应用方向

开始使用

可扩展的转录组测序

从功能强大的便携式 Flongle 和 MinION 设备,到高通量台式 GridION 和 PromethION 平台——根据您的 RNA 测序规模选用,以满足您特定的研究要求。
产品比较
GridION Yield graph
Gigabases in 48 hours (log10)

*Flongle is a flow cell adapter for MinION and GridION, designed for rapid and cost-effective analysis of smaller tests and samples.
Based
Devices

Recommended for 全转录组

GridION

独立、易于部署的台式设备,旨在运行和分析多达五张 MinION 或 Flongle 测序芯片。 简单、强大的可扩展性,可满足您的所有测序需求。 可投资固定资产或耗材预算,可选择提供纳米孔测序服务。为什么选择 GridION?
  • 为多个用户和实验运行多达五张独立可控的 MinION 或 Flongle 测序芯片
  • 生成多达 250 Gb* 实时碱基识别的数据以进行即时分析
  • 享受大型设备的规模和灵活性优势,无需特定的基础设施要求
  • 轻松部署自适应采样(Adaptive Sampling)进行靶向测序,无需额外的样品制备

订阅

联系方式


联系我们

如果您对我们的产品或服务有任何疑问,请直接告诉我们的销售团队成员。

联系我们

联系技术支持

您可以通过下方的二维码关注我们的技术和服务微信公众号(NanoporeSupport),与我们的技术专家交流。

您可以通过下方的二维码关注我们的技术和服务微信公众号