单细胞测序

基于短读长的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）方法仅从靠近转录物一端的小区域中产生信息，不具备对分子内的剪接、嵌合转录本和序列多样性进行分析的能力。 相比之下，纳米孔技术无需片段化，也无读长限制，可对整个 RNA (cDNA) 分子进行测序。因而可以在单条读长中测序全长转录本，从而在异构体水平进行准确地鉴定和定量（图 1）。

加利福尼亚大学圣克鲁兹分校的研究人员证实， MinION  和  PromethION 测序芯片提供的高测序产出，与独特分子标识符（UMIs）及其新颖的 R2C2 方法结合使用时，可生成高度准确的转录本共有序列，完全无需任何短读长，简化了实验工作流程（图 2）。通过这种方法，Volden 等人测序了约 3000 个外周血单核细胞的 900 万个全长 cDNA 分子。这些数据可根据转录本特征对细胞类型（即 B 细胞、T 细胞、单核细胞）进行聚类。此外，每种细胞类型还在异构体方面生成转录组。

研究人员表示：“这项工作代表了一种新型的、简单而强大的方法，使用一种测序方法即可以从数千个单细胞中获得前所未有的信息量。”