环境基因组学

经济适用的便携式纳米孔测序技术为环境研究提供了独特机会，已广泛用于分析环境 DNA (eDNA) 和微生物菌群样本，为生物多样性评估、生态系统生物监测、病原体鉴定和动物保护提供支持。纳米孔长读长测序可增强种属鉴定，而实时数据分析可立即获取结果，无论是在现场还是在实验室。完全不插电并使用太阳能的 eDNA 测序

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不插电测序将从样本到数据的时间缩短至 5 小时以下...
Gowers, G.F. 等人, Genes 10:11 (2019)

Oxford Nanopore 测序

传统的短读长技术

在样本来源地或实验室进行测序

强大的便携式设备，起步套装已包含测序试剂
更快获得结果——不再有样本运输延迟
最大程度地降低样品降解的可能性——揭示真正的生物学

仅限在实验室中使用

传统测序技术通常体积庞大、运输难度大、现场基础设施要求高，因此难以在移动环境或偏远地点部署，而世界上的许多生物多样性都位于这些地点。

实时数据流

生成数据时立即进行分析，快速获得见解
当获得足够数据时停止测序 — 清洗并重复使用测序芯片
使用直观的 EPI2ME 工作流程进行实时微生物分析

固定运行时间，批量交付数据

获得结果的时间更长，无法及时发现工作流程错误，处理大批量数据还会增加操作的复杂性。

读长长度不受限制（达到 4 Mb ）

使用信息位点（例如，整个 16S 和 CO1 基因）的全长读长进行宏条形码分析，可以获得增强的系统发育和分类学解析
从宏基因组样本组装完整基因组和质粒——解析相似的物种和复杂的基因组区域

读长长度通常为 50–300 bp

短读长测序可能不会跨越复杂的基因组区域，从而降低宏基因组组装的连续性。据报告，使用短读长对特定关注区域进行宏条形码分析，提供的系统发育解析有限。

简化的工作流程

样本制备时间短至 10 分钟，包括混样建库
全基因组宏基因组、靶向、直接 RNA 和 cDNA 测序方法
采用无扩增方案，消除扩增偏倚并检测碱基修饰以及核苷酸序列
使用便携式 VolTRAX 设备自动进行样本制备

工作流程费力

通常样本制备要求繁多，测序运行时间较长，工作流程效率降低。碱基修饰（例如甲基化）不作为标准检测，需要额外的制备步骤和额外的测序运行。

白皮书

应对宏基因组分析的挑战

微生物群落对其环境有深远影响，例如分解污染物或产生有用的副产物。同样，气候变化等环境压力也会影响微生物群落的构成。因此，宏基因组分析（研究特定社区中所有微生物的遗传物质）不仅能够提供关于微生物群落结构和功能的有力见解，还可以作为一个环境监测系统。这份白皮书探讨了宏基因组研究面临的各种挑战，并通过真实案例，介绍目前如何利用纳米孔测序技术来应对这些挑战。

在我们的资源中心或访问我们的便携式测序页面，获取更多环境测序的内容，包括eDNA、宏条形码和宏基因组学发表刊物、海报和视频。

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addressing the challenges of metagenomics(images)

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ORG.ONE

支持任何人随时随地对极度濒危物种进行快速测序

ORG.one 是一个试点阶段项目，旨在支持对极度濒危物种进行更快、更本地化的测序，使生物学家能够使用最新的超长读长方法对靠近样本来源的物种进行快速测序。

数据丰富的从头全基因组组装将通过提供可与牛津纳米孔测序仪一起使用的耗材支持来实现，条件是生成的数据将与科学界公开共享。

ORG.ONE-CARD

ORG.one 支持对 IUCN 红色名录中的物种进行测序，特别是野生类别中的极度濒危和灭绝物种（超过 8000 种）

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案例分析

使用便携式 MinION 进行现场生物多样性监测

eDNA 和环境宏条形码分析可以深入洞察生物多样性、保护、污染、入侵物种和潜在有害病原体。在这篇白皮书中，Krehenwinkel 等人全面回顾了便携式实时纳米孔测序的部署方法，以支持在各种环境中进行的生物监测和生物多样性评估。

“过去几年来，全球研究人员在进行生物多样性探索时，越来越多地应用了纳米孔测序技术，并从其简单、可及、经济有效和便携性中受益。这种情况已不足为奇”
Krehenwinkel 等人，Genes 10:11(2019)

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