基因表达

传统的 RNA 测序基因表达研究通常采用 50-100 个核苷酸的测序读长。尽管这种短读长可以进行基因表达分析，却无法区分转录本异构体。转录本异构体能够表现出不同的表达水平和功能特性，因此十分重要（图 1）。采用纳米孔测序时，读长长度等于 RNA（或 cDNA）的片段长度，使其能够对全长转录本进行明确的分析，从而在异构体水平对基因表达进行准确的鉴定和定量（图1）。使用纳米孔测序，已生成长度超过 20 kb 的全长转录本。了解更多关于剪接变异的信息。

研究表明，PCR 扩增文库通常比总 mRNA 库呈现出较低的复杂性。并非所有转录本都以相同的效率扩增，这导致部分 RNA 分子被漏掉，而其他 RNA 分子则过度扩增。使用已知存在 GC 偏好性的传统短读长测序技术时，会加剧这些问题，导致 GC 含量低或高的序列代表性不足。Oxford Nanopore 除了提供低偏好性的基于 PCR 的 cDNA 测序试剂盒，还提供无扩增直接 cDNA 和直接 RNA 测序试剂盒。这些试剂盒已被证明可以提供更准确的总 mRNA 表达和定量，且 GC 偏好性少于传统短读长 RNA 测序方法（图 2）。纳米孔技术能直接对天然 RNA 进行测序，这种独特的功能也可以保留和分析碱基修饰，提供更全面的基因表达数据。

与传统的短读长测序技术相比，纳米孔测序技术提供的长读长和全长转录本序列，已显示可以减少差异基因表达研究所需的读长序列总数。 例如，Bayega 等人报道，检测相同数量的基因所需的纳米孔 cDNA 读长，比短读长技术所需的读长数要少 40 倍。 此外，纳米孔测序提供了更长读长序列可减少多重定位，从而提供了对基因表达的更精确的见解。多重定位是单条读长定位到基因组或转录组中的一个以上位置（参见海报）。 Oxford Nanopore 提供了三种精简的 RNA 测序试剂盒，每种试剂盒均能够以低起始量中获得高测序产出（表 1）。