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采用纳米孔技术的宏基因组学和微生物分析

纳米孔长读长测序能提升基因组组装，准确识别密切相关的种属，并明确分析混合微生物样本的全长 RNA 转录本。实时提供数据，可立即获得种属鉴定、丰度和抗菌药物耐药性等结果。长读长与靶向方法相结合可以对信息基因（例如 16S rRNA）进行完整测序，提高识别的分辨率。

从混合的宏基因组学样本中组装完整的基因组和质粒
实时识别微生物和AMR，并通过长读长序列来区分密切相关的菌株
利用快速全基因组或靶向（例如16S rDNA）方法简化工作流程，混样建库样本获得更具成本效益的结果
使用便携式 MinION 和 Flongle 设备在样本源测序
使用全长转录本简化宏转录组学研究
消除PCR偏好性，鉴定碱基修饰，并使用直接测序将质粒与宿主关联

您可以如何使用纳米孔技术?

全基因组宏基因组研究

靶向宏基因组研究

宏转录组研究

宏表观组学

长读长纳米孔测序技术改善了短读长测序所提供的传统基因鸟枪法宏基因组分析，可对临床研究和微生物组样本中完整、闭环的基因组和质粒进行无偏倚组装。区分密切相关的种属，解析有挑战性的重复区域和结构变异，并解析质粒和基因组 AMR 基因。数据实时交付，提供快速的样本结果。

使用长读长解析完整基因组和质粒
实时鉴别种属、AMR 和毒力因子
使用便携式 MinION 和 Flongle 装置在样本源测序
通过 10 分钟文库制备简化工作流程
检测碱基修饰并使用表观遗传基序（motif）将质粒关联至宿主
使用直观的 EPI2ME 数据分析平台进行实时种属鉴定和 AMR 分析

全基因组测序应用使用 MinION

“……ONT 测序体积小、灵活性强且成本相对较低，为几乎所有类型的实验室提供了一种更简便的微生物组分析方法。”

Publication - Complete, closed bacterial genomes from microbiomes using nanopore sequencing

Publication - Ultra-deep, long-read nanopore sequencing of mock microbial community standards

Publication - Metagenomic sequencing at the epicenter of the Nigeria 2018 Lassa fever outbreak

Publication - Assembly-free single-molecule nanopore sequencing recovers complete virus genomes from natural microbial communities

Publication - MinION Sequencing of colorectal cancer tumour microbiomes – a comparison with amplicon-based and RNA-Sequencing

Publication - Metagenomic profiling of microbial pathogens in the Little Bighorn River, Montana

See more publications using nanopore sequencing… - Whole genome metagenomics

使用长序列读长提高靶向宏基因组种属鉴定的精确率。通过对完整基因（例如 16S rRNA）和/或操纵子（包括重复区域）进行测序，纳米孔长读长测序已证实可在混合微生物群落中进行更加全面的种属鉴定。使用便携式 MinION 和 Flongle，台式 GridION 或 PromethION 设备在样本源或实验室进行测序，实时获得结果。

分析整个基因或操纵子，增强种属鉴定的精确率
使用便携式 MinION 或 Flongle 在样本源测序
使用 16S 快速测序试剂盒时，只需 40 分钟即可完成从样本到获得结果
使用直观的 EPI2ME 数据分析平台，实时鉴别种属和丰度
对样本进行混样建库，获得成本效益更高的结果
使用便携式 VolTRAX 装置自动化样本制备

靶向测序应用使用 MinION

“纳米孔测序能够可靠地区分常见的沙门氏菌、军团菌、假单胞菌和钩端螺旋体中密切相关的致病性和非致病性菌属”

Publication - Computational methods for 16S metabarcoding studies using Nanopore sequencing data

Publication - Rapid bacterial identification by direct PCR amplification of 16S rRNA genes using the MinION nanopore sequencer

Publication - Off Earth identification of bacterial populations using 16S rDNA nanopore sequencing

Publication - Rapid diagnosis bacterial meningitis nanopore 16s amplicon sequencing pilot study

See more publications using nanopore sequencing… - Targeted metagenomics

纳米孔技术提供的长读长可以在单条读长中对全长转录本进行测序，从而排除了对复杂且通常不准确的测序后转录本组装的要求。明确识别转录本异构体的能力大幅简化了在混合微生物群落中进行的基因表达研究，并提供了从宏基因组学样本中鉴定病原体的替代方法。

使用全长读长更轻松地将转录本匹配到种属
无需复杂的转录本组装
高产出可实现准确的转录本定量
使用直接 cDNA 或直接 RNA 测序，消除 PCR 偏好性
新发布：使用更新的 RNA 和 cDNA 测序试剂盒，使用更少的起始量，获得更高的产出

RNA 和基因表达分析使用 MinION

我们相信，直接RNA测序将成为未来“完整基因组时代”中转录组分析的通用工具。”

Jenjaroenpun 等人

Publication - Rapid sequencing of multiple RNA viruses in their native form

Publication - Direct RNA sequencing on nanopore arrays redefines the transcriptional complexity of a viral pathogen

Publication - Transcriptome-wide analysis of a baculovirus using nanopore sequencing

Publication - Nanopore sequencing as a surveillance tool for plant pathogens in plant and insect tissues

See more publications using nanopore sequencing… - Metatranscriptomics

使用直接纳米孔测序长长确定混合微生物群落中单个生物体的表观遗传特征。使用表观遗传信息进一步提高种属鉴定的精确率，并将质粒等移动遗传因子与其宿主生物体相关联。

在一次检测中鉴定修饰的碱基和核苷酸序列
使用长读长区分近缘物种的碱基修饰
利用碱基修饰增强物种识别
使用表观遗传基序（motif）将可移动遗传元件与生物宿主相匹配
简化工作流程：10分钟文库制备（DNA），无需亚硫酸氢盐或化学转化
常规捕获碱基修饰，在您准备就绪时进行分析

表观遗传应用使用 MinION

Publication - Reading canonical and modified nucleobases in 16S ribosomal RNA using nanopore native RNA sequencing

Publication - Single-molecule sequencing detection of N6-methyladenine in microbial reference materials

Publications - Discovering and exploiting multiple types of DNA methylation from individual bacteria and microbiome using nanopore sequencing

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