鉴别

全世界每年有数百万人感染肠道病毒。已知有 100 多种可感染人类、与从轻度呼吸道症状到重度神经系统疾病在内的疾病相关的肠道病毒基因型，频繁对传播和新兴的基因型进行监测十分重要。尽管当前人肠道病毒鉴别的标准方法使用短读长 Sanger 测序，但 Grädel 等人证明了将 Flongle 测序芯片用于快速、低成本肠病毒基因分型的未来潜力。采用巢式 PCR 法扩增 26 份肠病毒阳性临床研究样本中的 VP1 基因，并使用 ”PCR 条形码扩展试剂盒 1-96“ 为这些基因添加分子条形码。然后混合带有分子条形码的扩增子，使用连接测序试剂盒制备在 Flongle 上进行测序。通过在一个定制的 VP1 肠道病毒数据库中进行定位，对共有序列进行基因分型。该团队发现，通过单次 Flongle 运行，26 份样本全部被正确进行基因型分型，使用 22.5 小时的端到端工作流程，每份样本的总成本为 10美元。然后，他们证明了每个样品都可以一式两份运行，从而在单张测序芯片上分析 52 份样本，而测序质量没有降低。这使每份样本的基因分型成本减少到 7 美元。