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采用直接 RNA 和 cDNA 测序的 RNA 和基因表达分析

与传统的 RNA 测序技术不同，长读长纳米孔 RNA 测序能够以完整的全长序列对天然 RNA 或 cDNA 进行准确定量和鉴定，无需片段化或扩增，简化分析，并消除了潜在的偏好性来源。直接 RNA 测序还可以同步识别碱基修饰和核苷酸序列。

使用长读长鉴定和定量全长转录本
通过实时分析和定制工具更快地访问结果
通过无需 PCR 的实验方案减少偏好性
使用直接 RNA 测序同步检测碱基修饰和核苷酸序列
通过MinION, GridION 或 PromethION扩展您的需求

您可以如何使用纳米孔技术?

量化和研究差异基因表达

识别融合转录本

鉴定 RNA 病毒和病毒流行病学

检测碱基修饰

纳米孔测序提供的高产出、全长序列可以对转录本异构体进行明确的鉴定和定量，真实反映基因表达。低起始量与快速、精简的工作流程相结合，即使在单个细胞中也可以进行高度敏感的基因表达分析。

全长转录本——明确识别剪接变体和基因融合
明确的转录本和异构体定量
使用直接 cDNA 或直接 RNA 测序，消除 PCR 偏好性
使用直接 RNA 测序同步检测碱基修饰和核苷酸序列
轻松识别反义转录本和 lncRNA 异构体
最新：使用更新的 RNA 和 cDNA 测序试剂盒，以更少的起始量，获得更高的产出

“我们的结果表明，我们不仅能识别复杂的异构体，还可以在单个细胞上量化他们的表达”

Publication - Nanopore sequencing of full-length circRNAs in human and mouse brains reveals circRNA-specific exon usage and intron retention

Publication - Accurate detection of m6A RNA modifications in native RNA sequences

Publication - Transcriptome landscape of the developing olive fruit fly embryo delineated by Oxford Nanopore long-read RNA-Seq

Publications - Targeted, high-resolution RNA sequencing of non-coding genomic regions associated with neuropsychiatric functions

Publication - Long-read sequencing reveals the splicing profile of the calcium channel gene CACNA1C in human brain

Publication - Nanopore long-read RNAseq reveals widespread transcriptional variation among the surface receptors of individual B cells

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在纳米孔测序中，读长长度等于片段长度，从而可以对长片段的全长转录本进行常规分析。这可以最大限度地减少多重定位（即短测序读长比对到多个位置的情况）的影响，并可以完整地鉴定转录本异构体和嵌合转录本。同时，还能够进行定相（phasing），从而轻松区分克隆和多克隆变体。

明确识别全长融合转录本，并对变体进行定相
准确定量转录本
快速、实时测序和分析
使用直接 cDNA 或直接 RNA 测序，消除 PCR 偏好性
一种适用于任何实验室的简单、具有成本效益且可扩展的解决方案
最新：使用更新的 RNA 和 cDNA 测序试剂盒，以更少的起始量，获得更高的产出

“在我们的研究中，我们能够通过使用 MinION 检测主要的驱动基因，这些基因具有模式多样化，包括点突变和融合。”

Publication - A nanopore sequencing–based assay for rapid detection of gene fusions

Publication - Sequencing and phasing cancer mutations in lung cancers using a long-read portable sequencer

Publication - High-throughput targeted long-read single cell sequencing reveals the clonal and transcriptional landscape of lymphocytes

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使用实时的、长读长 RNA 测序技术快速鉴定 RNA 病毒，无论是在实验台或是现场。

从单条读长中获得完整的病毒 RNA 序列，无需组装
长读长可强化宏基因组样本的病毒识别能力
用于现场快速分析的便携式设备和试剂盒
实时分析可立即提供具有行动指导意义的结果
可选择具有成本效益的混样建库
最新：使用更新的 RNA 和 cDNA 测序试剂盒，以更少的起始量，获得更高的产出

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“人类鼻病毒的直接RNA测序……与其他RNA-Seq策略相比，这种方法具有许多潜在的优势”

Publication - Direct RNA nanopore sequencing of full-length coronavirus genomes provides novel insights into structural variants and enables modification analysis

Publication - Rapid sequencing of multiple RNA viruses in their native form

Publication - Assessment of metagenomic Nanopore and Illumina sequencing for recovering whole genome sequences of chikungunya and dengue viruses directly from clinical samples

Publication - Nanopore sequencing for rapid diagnostics of salmonid RNA viruses

Publication - Direct RNA sequencing of the coding complete Influenza A virus genome

Publication - Rapid confirmation of the Zaire Ebola Virus in the outbreak of the Equateur province in the Democratic Republic of Congo: implications for public health interventions

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碱基修饰（如 m6A）能够调节 RNA 分子的活性和稳定性，并已知与多种人类疾病和抗菌素耐药性相关。不同于传统技术，纳米孔技术可以测序天然 RNA 分子，无需扩增或逆转录。纳米孔测序可以直接鉴定碱基修饰以及核苷酸序列，无需化学方法或修改实验方案。其测序全长转录本的能力使得修饰得以明确的匹配至特定的异构体。

经济高效地鉴定 RNA 碱基修饰以及核苷酸序列
常规捕获碱基修饰，在您准备就绪时进行分析
快速 10 分钟文库制备，无需亚硫酸氢盐转化
精简的实验方案，无需严苛或低效的化学改造，保留 RNA 分子和数据的完整性
使用 Tombo 分析数据，Tombo 是日益增多的分析工具中的一种

表观遗传学应用使用 MinION

“将 [Oxford Nanopore] 平台建立为一种可以绘制几乎任何给定修饰的工具，将使我们能够以迄今无法实现的方式研究表观转录组”

Publication - Reading canonical and modified nucleobases in 16S ribosomal RNA using nanopore native RNA sequencing

Publication - Single-molecule sequencing detection of N6-methyladenine in microbial reference materials

Publication - Accurate detection of m6A RNA modifications in native RNA sequences

Publication - Decoding the epitranscriptional landscape from native RNA sequences

Publication - Nanopore native RNA sequencing of a human poly(A) transcriptome

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无PCR扩增试剂盒

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分析探索更多纳米孔测序技术的应用场景

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